Approches génomiques pour la biodétection d'insectes invasifs forestiers
Les invasions biologiques, en particulier celles d'insectes xylophages comme les Cérambycides, sont en constante augmentation, principalement en raison du changement climatique et de l'intensification des échanges commerciaux. Ces insectes, transportés principalement par le commerce intern...
Wedi'i Gadw mewn:
| Prif Awdur: | |
|---|---|
| Awduron Eraill: | , , , , , |
| Fformat: | Thèse numérique |
| Iaith: | Français Anglais |
| Cyhoeddwyd: |
2024.
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| Pynciau: | |
| Mynediad Ar-lein: | Accès au texte intégral https://theses.univ-orleans.fr/public/2024ORLE1012_va.pdf http://www.theses.fr/2024ORLE1012/abes https://theses.hal.science/tel-04622319 |
| Nodyn: |
Titre provenant de l'écran-titre Ecole(s) Doctorale(s) : École doctorale Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant (Centre-Val de Loire ; 2012-....) Partenaire(s) de recherche : Unité de Recherche de Zoologie Forestière. UR 0633 (Orléans (Loiret) ; 1970-....) (Laboratoire) Autre(s) contribution(s) : Carole Kerdelhué (Président du jury) ; Stéphanie Bankhead-Dronnet, Germain Chevignon (Membre(s) du jury) ; Carole Kerdelhué, Hervé Brustel (Rapporteur(s)) |
| Autres localisations: | Voir dans le Sudoc |
| Variante du titre: | Genomic approaches for the biodetection of invasive forest insects |
| LEADER | 08616nam a22004937a 4500 | ||
|---|---|---|---|
| 001 | 1215563 | ||
| 008 | 240624s2024 xxe ||| |||| 00| 0 fre d | ||
| 009 | PPN279027893 | ||
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| 084 | |a 590 | ||
| 100 | 1 | |a Veillat, Loïs, |d 1996- | |
| 240 | 1 | 0 | |a Genomic approaches for the biodetection of invasive forest insects |
| 245 | 1 | 0 | |a Approches génomiques pour la biodétection d'insectes invasifs forestiers |c Loïs Veillat ; sous la direction de Géraldine Roux et de Carlos Lopez Vaamonde. |
| 256 | |a Données textuelles | ||
| 260 | |c 2024. | ||
| 500 | |a Titre provenant de l'écran-titre | ||
| 500 | |a Ecole(s) Doctorale(s) : École doctorale Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant (Centre-Val de Loire ; 2012-....) | ||
| 500 | |a Partenaire(s) de recherche : Unité de Recherche de Zoologie Forestière. UR 0633 (Orléans (Loiret) ; 1970-....) (Laboratoire) | ||
| 500 | |a Autre(s) contribution(s) : Carole Kerdelhué (Président du jury) ; Stéphanie Bankhead-Dronnet, Germain Chevignon (Membre(s) du jury) ; Carole Kerdelhué, Hervé Brustel (Rapporteur(s)) | ||
| 502 | |a Thèse de doctorat. Biologie. Orléans. 2024 | ||
| 520 | |a Les invasions biologiques, en particulier celles d'insectes xylophages comme les Cérambycides, sont en constante augmentation, principalement en raison du changement climatique et de l'intensification des échanges commerciaux. Ces insectes, transportés principalement par le commerce international du bois, s'établissent dans de nouveaux écosystèmes dans lesquels ils n'ont pas forcément d'ennemis naturels. Une fois établis, ils peuvent causer des dégâts considérables aux forêts et aux zones urbanisées, menaçant ainsi la biodiversité, l'économie et la santé des écosystèmes. Ces invasions nécessitent donc une surveillance et une gestion rigoureuses pour prévenir et atténuer leurs impacts dévastateurs.Dans ce contexte, cette thèse a pour objectifs principaux : (i) évaluer l'efficacité du métabarcoding, une méthode permettant d'identifier simultanément et rapidement plusieurs espèces d'insectes collectées dans un même piège, en utilisant le séquenceur MinION d'Oxford Nanopore®. Ce séquenceur présente l'avantage d'être portatif et peu couteux, le rendant ainsi plus accessible que les technologies concurrentes. (ii) Créer une librairie de référence de codes-barres moléculaires pour les Cerambycides européens afin de fournir à la communauté scientifique une base de données pour effectuer des analyses fiables d'identification basées sur l'ADN. (iii) Étudier la structure génétique des populations invasives d'une espèce exotique introduit dans le bassin méditerranéen (Xylotrechus stebbingi) afin de mieux comprendre sa dynamique d'invasion de cet insecte originaire d'Asie.Concernant le premier objectif de cette thèse, nos résultats ont montré que le séquenceur MinION d'Oxford Nanopore® était performant pour la détection et l'identification rapide d'espèces invasives, par comparaison aux technologies de séquençage Illumina® et IonTorrent. Nos résultats montrent également que la méthode de piégeage et de préservation des échantillons dans les pièges est un prérequis essentiel qui conditionne la détection fiable des espèces présentes dans les échantillons. En ce qui concerne le deuxième chapitre, nous avons pu assembler 2928 séquences de codes-barres ADN pour 147 espèces de cérambycidés, soit plus de 79% des 185 espèces capturées en Europe à l'aide de pièges multi-phéromonaux. Cette nouvelle base de données pourrait être utilisée pour identifier avec précision le contenu des pièges multi-phéromonaux déployés en Europe lors d'analyses de codes-barres ou de métabarcodes. Enfin, dans le troisième chapitre de cette thèse, nous avons mis en évidence que l'invasion du xylophage Xylotrechus stebbingi dans le bassin méditerranéen résultait d'une série d'introductions multiples, probablement en lien avec les échanges commerciaux maritimes plutôt qu'à une unique introduction qui se serait propagée au fil du temps. Ces résultats impliquent que cette espèce, hautement polyphage et à fort potentiel invasif, risque d'envahir de nouvelles régions du monde (en dehors du bassin méditerranéen) dans les prochaines années via le transport maritime. Par conséquent, il est nécessaire de rester vigilant dans les zones portuaires afin de limiter au maximum la propagation de cet insecte. | ||
| 520 | |a Biological invasions, particularly those of xylophagous insects such as cerambycids, are constantly increasing, mainly due to climate change and the intensification of trade exchanges. These insects, primarily transported through international wood trade, establish themselves in new ecosystems where they may not have natural enemies. Once established, they can cause considerable damage to forests and urban areas, thus threatening biodiversity, the economy, and the health of ecosystems. Therefore, these invasions require rigorous monitoring and management to prevent and mitigate their devastating impacts.In this context, this thesis has the following main objectives: (i) to assess the effectiveness of metabarcoding, a method that allows for the simultaneous and rapid identification of multiple insect species collected in the same trap, using the MinION sequencer from Oxford Nanopore®. This sequencer has the advantage of being portative and inexpensive, making it more accessible than competing technologies. (ii) To create a reference library of molecular barcodes for European Cerambycids to provide the scientific community with a database for reliable DNA-based identification analyses. (iii) To study the genetic structure of invasive populations of an exotic species introduced from Asia to the Mediterranean basin (Xylotrechus stebbingi) to better understand the invasion dynamics of this insect native to Asia. Regarding the first objective of this thesis, our results showed that the MinION sequencer from Oxford Nanopore® was efficient for the rapid detection and identification of invasive species, in comparison to Illumina® and IonTorrent sequencing technologies. Our results also show that the trapping method and sample preservation in the traps are essential prerequisites for the reliable detection of species present in the samples. For the second chapter, we assembled 2928 DNA barcode sequences from 147 species of cerambycids, representing over 79% of the 185 species captured in Europe using multi-pheromone traps. This new database could be used to accurately identify the contents of multi-pheromone traps deployed in Europe during barcode or metabarcoding analyses. Finally, in the third chapter of this thesis, we demonstrated that the invasion of the xylophagous Xylotrechus stebbingi in the Mediterranean basin resulted from a series of multiple introductions, probably linked to maritime trade exchanges rather than a single introduction that would have spread over time. These results imply that this highly polyphagous species has a strong invasive potential and is likely to invade new regions of the world (outside the Mediterranean basin) in the coming years through maritime transport. Consequently, it is necessary to remain vigilant in port areas to limit the spread of this insect as much as possible. | ||
| 538 | |a Configuration requise : un logiciel capable de lire un fichier au format : PDF | ||
| 650 | |a Invasions biologiques |z Méditerranée (région) | ||
| 650 | |a Bioinformatique | ||
| 650 | |a Cérambycidés |x Identification |z Méditerranée (région) | ||
| 650 | |a Métabarcoding | ||
| 650 | |a Écologie des forêts | ||
| 650 | |a Forêts |x Protection |z Europe du Sud | ||
| 650 | |a Thèses et écrits académiques | ||
| 700 | 1 | |a Roux, Géraldine, |d 19..-...., |c professeure de biologie. |4 ths | |
| 700 | 1 | |a Lopez Vaamonde, Carlos, |d 19..- |4 ths | |
| 700 | 1 | |a Kerdelhué, Carole. | |
| 700 | 1 | |a Brustel, Hervé, |d 19..- | |
| 700 | 1 | |a Bankhead-Dronnet, Stéphanie, |d 19..- |4 opn | |
| 700 | 1 | |a Chevignon, Germain, |d 1984- |4 opn | |
| 710 | 2 | |a Université d'Orléans. |4 dgg | |
| 856 | 4 | |q PDF |s 15989247 |u http://www.theses.fr/2024ORLE1012/document |z Accès au texte intégral | |
| 856 | 4 | |u https://theses.univ-orleans.fr/public/2024ORLE1012_va.pdf | |
| 856 | 4 | |u http://www.theses.fr/2024ORLE1012/abes | |
| 856 | 4 | |u https://theses.hal.science/tel-04622319 | |
| 997 | |0 1215563 |1 Thèse numérique |a Ressource numérique |b INSA |b ENSA |c 0/Bibliothèque numérique/ |c 1/Bibliothèque numérique/Autre ressource numérique/ | ||